另外，单应天在制度上，也进行了一些改革。
地方是采用省市县乡四级管理制度。
突厥草原一分为三，贝加尔湖附近，以及北方，直达北冰洋的区域，为北海行省。
省会则是建立在贝加尔湖西侧，取名为北海城。
北方的佛门祖廷，便被坐落在此地。
少林五老已经前去主持佛门工作，对那些未开化的族群进行教化了。
突厥草原为岭北行省，管辖范围是整个草原，省会也是突厥王庭所在之地，单应天取名为乌兰城。
漠南的阴山附近，为岭南行省。
为辽东那边为辽东行省。
半岛为新罗行省。
倭国四岛为东瀛行省。
内地的其它地区，则是按照后世的行政区域来进行划分。
朝堂之上，最大的变化就是采用了内阁制。
废除了丞相职位，级别最高的文官变成了内阁首辅。
内阁首辅暂由魏征担任。
副首辅为徐茂公。
内阁成员，一般都是由文官担任。
文官的任免、升迁，以及与民生有关的所有事情，都由内阁负责。
除了内阁之外，单应天还设立了军机处。
军机大臣必须由武官担任，负责全国的军队建设和武将的任免。
单应天也是有意将文武分开，文官不管武官，武将不任文职。
另外，单应天还成立了一个叫锦衣卫的衙门。
飞龙军和飞凤军，则是统一由锦衣卫衙门管辖。
锦衣卫最高长官是指挥使，必须由皇帝亲自任命。
主要职责不变。